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这时赵秉钧道：“抚台大人，军官们联名上书一事怎么处理？”
袁世凯的脸色一沉，道：“孙仲奎、万坤等人明天立刻执行枪决，首级号令三日，以儆效尤，凡在上书中属名人员，所有军职全部免除，立刻全部抓捕收监，听候发落。再有给他们求情的人，全部同罪。”
赵秉钧听了，顿时精神大振，道：“卑职尊令。”
袁世凯又道：“芝泉。”
段祺瑞起身应忙道：“在。”
袁世凯道：“你马上招集你部的军队，一面严守刑场，一面留心各部队的动态，凡有轻举妄动者,一率抓捕，凡有敢于反抗者，可以当场格杀。”
段祺瑞的精神一振，赶忙应声道：“是。”
袁世凯默许孙仲奎、万坤领军私下里加入地主联盟的军队，一方面是试探一下海外华人的决心，看看他们是否真敢冒着和清廷彻底撕破脸的危险动手，结局当然是令袁世凯十分沮丧的，海外华人出手既大胆又巧妙，不仅连夺了三个县城，居然还想一招桃代李僵之计，给朝廷还留下了颜面，不致于彻底闹翻。但也表示海外华人对山东志在必得的决心。虽然海外华人找李鸿章出面来压制袁世凯，但那只是希望通过不对抗的手段迫使袁世凯屈服，而并不是怕和袁世凯开战，袁世凯并不怀疑，如果李鸿章起不了作用，海外华人一定会毫不犹豫的发动夺取山东的战争。
而在另一方面，袁世凯还有一个想法，就是借这个机会打压一下北洋新军中的山东势力。现在山东人已经在北洋新军内部形成了一股不容小视的势力，尽管基本都是中下层军官，但现在也都想更进一步，爬上北洋新军的高层。这一次数十名军官联名上书袁世凯，要求赫免孙仲奎、万坤等人，这不仅仅是为了尽同乡之谊，也是向北洋新军的老旧势力发出的挑战。如果袁世凯屈从于这些山东籍军官的压力，赦免了孙仲奎、万坤等人，那么他们下一步肯定就是在北洋新军中谋求更高的职位。
袁世凯对这一点看得十分清楚，知道这种风气是绝对不能助长的，必须要坚决的打压，否则北洋新军就会失控，如果说是以前，袁世凯或许还要顾忌一下山东士绅的感受，因为北洋新军的山东籍中下级军官，基本都是来自士绅家庭，而袁世凯又打算是把山东当自己的后院来经营，自然也不能把山东士绅得罪得太狠了，因此在处理山东籍中下级军官时，也会有所顾忌。但现在袁世凯己经决定放弃山东，自然也就不会再在乎山东士绅的感受，而且正好可以借这个机会，狠狠的打击北洋新军里的山东势力，将一部份人清除出北洋新军去，确保袁世凯对北洋新军的绝对统治。
于是袁世凯也就不客气了，一方面仍然对孙仲奎、万坤等人依然处以极刑，另一方面对联名对给孙仲奎、万坤等人求情的中下级军官进行严厉的打击，同时也防止有人借机发动兵变。段祺瑞部统领的军队都是袁世凯在小站练兵时的军队，不仅训练时间长，战斗力强，而且忠诚可靠，因此由他负责警戒，袁世凯也能够完全放心。
就在当天晚上，赵秉钧分派人手，将联名上书求情的中下级军官全部抓捕收监，而段祺瑞也率领本部军队，控制军营要地，而就在第二天，袁世凯通告全军，述明孙仲奎、万坤等人违抗的军纪，当众执行枪决，参与联名上书求请41名中下级军官，全部抓捕入监，等候处理，同时告戒全军，凡事再有敢违抗军纪的人，全部都将严惩不待。
这一下北洋新军全军震动，由其是山东籍的士兵、军官，感受到了强大的冲击，不过由于参与联名上书求请41名中下级军官全部被抓，而且段祺瑞又派兵守住军营的各处要地，因此虽然其余的山东籍中下级军官心里不忿，但也无法有任何做为。