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虽然随后还偶尔有对华东政*府的零星袭击，但以整个部落与华东政*府为敌的，却是再也没有了，尽管零星的袭击是不可能完全避免的，但基本不可能对华东政*府构成威胁了。而且无法与华东政*府对抗，有部份土著部落在华东政*府的怀柔之下，选择了与华东政*府合作
华东政*府和土著部落的合作的样式也有很多，最简单的就是和土著部落进行贸易交易，土著用当地的土产，如药材、兽皮、稀有矿物等换取华东政*府的工业产品。这当然是最低层级的合作，但尽管如此，土著部落能够从华东政*府交易到现代工业产品，也能够大大改善土著部落的生活。
其实在英国、荷兰殖民婆罗洲期间，也将各自的工业产品向土著出售，但英国、荷兰的工业产品售价较高，能买得起的只能是少数土著，华东政*府到婆罗洲有地理上的优势，而且也并不追求高额利润，更看重产品的销量，因此价格要比英国、荷兰便易得多，一般的土著也能用得起。当然这种合作方式仅限于普通的贸易关系，华东政*府和土著部落基本不会有什么过多接触。
而更高一级的合作方式则是由华东政*府进行委托，如种植粮食作物或经济作物，饲养牲口等，由土著部落自行组织人手，但华东政*府可状提供技术指导，甚致贷款，到达日期收购成品，并支付给土著部落报酬。这种合作方式可以使土著部落有稳定的收入，而且收入也更高一些。虽然这种合作模式之下，华东政*府并不干涉土著部落的内部事务，但却能使双方有更多的来往，联系也更为紧密，有利于华东政*府向土著部落渗透，向土著部落传递现代的生活理念和方式。
最高级的合作方式就是整个部落由华东政*府来进行组织安排工作，这也就相当于是整个部落都由华东政*府控制，目前当然也只有被华东政*府攻破的几个部落采取这样的合作方式。原来在华东政*府攻破那几个部落之后，并没有将部落彻底消亡，而且在名议上保持部落的存在，扶植傀儡管理层，然后以合作的名议控制部落，实际是将部落向村落的方向转化。
虽然在这种合作模式下，部落名存实亡，但普通土著获得的利益却是最大的，因为部落的获利是由华东政*府来分配，能够将绝大部份获利分给普通土著，仅留少部份用于部落的公共开支，而另两种合作方式，部落的首领人员要占有大部份的贸易利益，普通土著能够从中获的利益并不算多，有的部落甚致几乎没有。
但不管怎么说，压制了土著部落对华东政*府的敌对情绪，华东政*府也就能获得一个相对安全的环境建设婆罗洲，当然现在华东政*府没有能力大规模建设婆罗洲，还是围绕着几个主要港口城市坤甸、马辰、古晋、泗务、古达等来进行，但这3年多的时间，还是取得了不小的成就。
由其是坤甸，做为婆罗洲的首府，自然也是重点投入建设，本来坤甸在荷兰殖民婆罗洲时，就己经颇有城市规格，而且还修建了港口设施，而和华东政*府刚接手时相比，现在坤甸的城市规模己扩大一倍，常住人口达30余万，而且道路桥梁、房屋市政、工厂集市、港口码头等设施一应齐全，由其是坤甸的港口，被华东政*府改造成军民两用，可以停泊数万吨的巨轮，而且各种起重机、轨道、车辆、仓库、维修工厂等现代码头应有的设施也都是一应具全，完全是一座现代化的港口。
同时在坤甸的周边，华东政*府又招募了大量的土著，成立村庄镇店，开荒种植，创办农场，现在坤甸基本可以保证粮食自产自足。
而马辰、古晋、泗务、古达等城市的情况也都是大同小异，不过现在各城市之间的交通，主要还是靠海运，而不是道路或铁路，虽然从华东政*府接管婆罗洲时，就规划好了环岛铁路与公路，但毕竟投入有限，而且人力物力也不足，因此现在公路建设完成还不到一半，而铁路建设还根本没有开始，这也是现在婆罗洲的建设，只能以沿海的港口城市为核心进行，难以深入了。