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朱由校事情都交待给别人后，便来到了兵器局。兵器局已经将大明民用机械及工具合作社单独划出来，形成了一个民用商社。而研究制造蒸汽火车的部门则归铁路部直管，印刷机械的研究制造归报社直管，现在兵器局专心研究制造兵器。
朱由校设立了一个水力运输局，方以智和朱之瑜的蒸汽轮船则被划归到这个局里，局长暂时由孙元化兼任，也还在兵器局里办公，但应该很快就会搬出兵器局，自立门户。
方以智拿到了大明皇家科学基金会的资金后，又进行了很多次的试验，最后沮丧地回到老路上——用木船。不过也不全是老路，而是在船前面用铁皮造了一个船头，这样可以减少阻力而且能够起保护作用，造出了速度达到十六里的铁头木船。
朱由校看了方以智的木头船和朱之瑜的木船航行比赛后，问孙元化道：“两位爱卿觉得这两条船哪一个比较好。”
孙元化道：“陛下，如果说民用的话，朱之瑜的比较好，因为不用铁皮可以大大降低成本。不过方以智的铁头船的想法倒是可以用在军船上，如果我们在军船四周都包上铁皮，那么至少可以使船更加安全，一般的炮弹可以抗得住，而且不容易受到火攻的影响。”
毕懋康道：“陛下，方船为三百五十料，朱船为三百料，两船航行两个时辰，所用煤相同，方船还多了四里，故臣以为方船的蒸汽机效率要强于朱船。但是臣坐过两船，朱船的舒适性又要强于方船。故而臣有些不知如何取舍。”
朱由校看着紧张的方以智和朱之瑜，笑道：”为什么要取舍？水力运输局既可以造货船，也可以造客船。既然两船各有特色，那就从这两个方向着手，都做到极致。另外，蒸汽船的速度还要增加，没道理火车都四十多里的速度了，船还只有十几里呀。我看你们在船旁边加浆的方法不好，兵器局不是说滚珠轴承没有用处吗？朕给你们找一个用处。“
他让人拿来纸和铅笔，简单地画了个图道：”这个东西叫螺旋浆，放在船的后面，转动的时候就可以让船快速前进。你们去研究吧，滚珠轴承用在这里应该适合，不说四十里，速度到二十多里应该是没有什么问题的。“
方以智和朱之瑜目不转睛地看着皇帝画的草图，心里在快速地分析这种新物品的可行性。朱由校道：”看什么看，这个一定比你们的船浆要好，你们的船浆回来的时候力气是浪费的了，这个可一点点也没有浪费。仔细记住，下次朕要实物。你们两个分别造吧，看谁造出来的效率高，速度快，就用谁的方案。“
孙元化和毕懋康仔细看了草图，同时施礼道：”圣天子无所不能。“
朱由校挥了挥手道：”这个朕今天才想起来，不然早就拿给你们看了。水力运输局的新地方建好后就让他们搬出去吧，河道清理后码头的建造也要提上日程了，还有码头上的煤储备，航路的作图立标，都是很麻烦的事，不知道到时让谁负责才好。新船研究出雏形后再告诉朕，朕来看看你们的研究成果。“