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朱由校接着说道：“而最重要的是军户之事，朕想废除军户制，然此事多艰，如何措辞而改祖制，如何整顿分田，如何使其不扰地方而又能安居乐业，这些事都要麻烦孙师。军户制度不改，将会是提高我大明军力的最大阻碍，建奴区区几万甲兵，竟然能够席卷辽东，将大明军队打得丢盔弃甲，这是一个警钟呀，希望孙师能帮朕想出一个好主意来。”
军户制度，是太祖所创，其实大家都知道，现在已经到了不改不行的地步了，而孙传庭在延安府改屯田，其实就是一个尝试，现在看来，效果还不错，但朱由校知道不可能延安府行，其它地方就一定行，还是要多多考查论证，才能得出结论，然后小心地慢慢推广至全国，所以孙承宗巡边可以说是事关重大，稍微有点问题，那就不是小问题，军户们揭杆而起那都是有可能的。
孙承宗道：“那臣先巡陕西，看一看延安府的情况，然后再到各地，看一看有哪些异同，听取文官和军户的意见，一起报与皇上圣裁。”
朱由校喜道：“孙师能如此想，那朕就放心了，这事不要嫌细，越细越好，引起的扰动越小越好，大家都满意，就是最好的结果。这事不要急，慢慢来，朕寻思用三年甚至五年时间解决此事，先谋划好，再就可以一鼓而下了。”
孙承宗见皇帝竟然约三年到五年为期，心中大慰，他一直担心皇帝年轻气盛，想一蹴而就，那就麻烦了。既然皇帝心里已经有数，那就不需要自己多说了。
孙承宗走后，毕自肃进来了。他是毕自严的胞弟，现任主客郎。进来见礼后，朱由校说道：“毕卿，现在有一个很麻烦的事要交给你，就是在京畿东安置辽民之事。”
毕自肃道：“陛下，安置辽民之事，一可安辽民之心，二可使其自足，此事于国于民皆为好事，臣不觉其麻烦，愿意为陛下分忧。”
朱由校笑道：“毕卿觉得不麻烦，是因为不知道这次安置辽民与以往的屯田不大同。徐尚书推荐了毕卿，认为毕卿擅长处理负责的问题，所以才让你来干这件事的。”
毕自肃有些好奇：“陛下，安置辽民不就是屯田以自养吗？”
朱由校道：“这次朕想要改革军制，准备用几年时间全部用募兵制取代原来的军户卫所制度，所以想先来在辽民中试一下。”
毕自肃道：“陛下，募兵制自戚帅时就已经实行，只是没有取代军户制度，募兵制臣倒是知道一些，这与屯田辽民有什么关系吗？”
朱由校道：“这个倒是真的有些关系，毕卿你且听我仔细道来。”
第二天皇帝下旨：着升毕自肃为辽民京畿安置钦差，于永平府迁安县设置辽民安置点，专门安置从辽东逃回的辽民。
毕自肃来到迁安县，县令前来拜见。毕自肃道：“明府可以先把鱼鳞册拿来，本官要在这里安置辽民，必须先把地方找好。”
拿到鱼鳞册后，毕自肃仔细审看后，发现滦河边有大片空地根本没有人烟，于是说道：“滦河以西地方，给我划一大块空地出来，专门用来设辽民新村。”