网络系统发达的时代，由“决斗怪兽卡之父”贝卡斯·J·克罗佛多所创造的游戏——决斗怪兽，在SOL技术公司的高度网络技术构筑『LINK VRAINS(连接境智网(虚拟实境人工智能网络系统))』的VR空间中盛行，人们为那VR空间中全新的决斗体验而狂热。但无论是在现实还是LINK VRAINS中，无形的风暴正在酝酿着，命运的齿轮开始了大幅度转动……而身处风暴核心的那个人，现实中是决斗学院的普通学生——游城哲也，而在LINK VRAINS中，他是以压倒性的决斗击倒神秘黑客集团『汉诺骑士』的传说决斗者“VORPAL SWORDS”。